Как всем известно, классическим способом установки приложений в *nix подобных системах является такая последовательность команд:
cd libfoo
./configure
make
make install
Переходим в папку с исходниками, запускаем древний, как говно мамонта, скрипт конфигурирования, затем сборка и инсталляция.
Оказывается, скрипт configure может совершенно спокойно мусорить работать из другой папки:
mkdir build-libfoo
cd build-libfoo
../libfoo/configure
make
make install
После этого можно удалять build-libfoo и папка с исходниками останется в чистом виде. Таким образом можно собирать одну и ту же библиотеку с разными флагами в своих папках, используя одни и те же исходники.